مدرسه علمیه گلپایگان از سال ۵۹ به امر مرحوم آیت الله العظمی سید محمدرضا گلپایگانی آغاز به کار کرد که خود ایشان موسس و تولیت این مدرسه بوده و پس از ارتحال ایشان، حجت‌الاسلام والمسلمین جواد گلپایگانی، فرزند این مرجع فقید، امر تولیت را بر عهده گرفته اند. این که این مدرسه جزء مدارس بزرگ کشور محسوب می شود، مدرسه علمیه گلپایگان دارای مدرس‌های بزرگی است در حدود ۱۰ هزار متر مربع، فضای سبز دارد که محیطی بسیار بانشاط برای تحصیل و تدریس است. این مدرسه علمیه به نام مرجع فقید، آیت الله العظمی سید محمدرضا گلپایگانی منور شده و تحت اشراف آیت الله العظمی صافی بوده است. این مدرسه با مساحتی بسیار به فضایی آرام جهت تحصیل طلاب مشغول شده و سالانه افراد زیادی خواستار حضور و تحصیل در آن هستند.